Det er enkelt å fly til Stockholm. Det går direktefly fra blant annet Oslo, Sandefjord (Torp) og Trondheim. SAS (Widerøe fra Torp), Norwegian flyr direkte fra Oslo og Torp, mens Widerøe flyr direkte fra Trondheim til Stockholm. Fra Oslo er flyturen til Stockholm i underkant av én time.
Stockholms hovedflyplass heter Arlanda. Fra Arlanda tar de fleste flytoget inn til Stockholm sentrum. Det bruker ca. 20 minutter. Du kan lese om avgangstider og priser på flytogets hjemmesider. Skal du til områder et stykke fra sentralbanestasjonen, kan du ta taxi fra flyplassen. Så lenge du bare skal inn til selve Stockholm by, har taxiene faste priser (ca. 400 kroner). Det går også flybuss inn til sentrum av Stockholm.
Arlanda har mange spisesteder og flere butikker enn for eksempel Gardermoen. Besøk gjerne Arlanda City hvis du har tid. Området befinner seg mellom terminalene 1, 2 og 3 på ene siden og terminal 4 og 5 på den andre siden.
Stockholms har flere andre flyplasser. En heter Skavstad og ligger ved tettstedet med samme navn, én drøy times kjøretur fra Stockholm. Hit flyr blant annet Ryanair. Det går flybusser til/fra flyplassen og Stockholm. Avgangene til flybussene er tilpasset flyenes ankomst/avreise. Bussbilletten koster ca 150 kroner for voksne for enkeltreise. Tur/retur gir rabatt. Også rabatter for studenter og barn. Det finnes også en mindre nærflyplass som heter Bromma.